Общественная деятельность
Научно-педагогическая деятельность А.М.Зайцева в ряде случаев выражалась и в несении различных выборных должностей, хотя он и избегал всякого рода административных обязанностей. В 1905 г., когда университетам было «даровано» автономное управление, он был избран первым выборным деканом физико-математического факультета, но через год отказался от деканства. В различные периоды ему еще пять раз приходилось непродолжительное время исполнять обязанности декана, а один раз и ректора университета. Несколько раз он был председателем физико-математической экзаменационной комиссии при университетах - Московском, Петербургском и Казанском. В 1872 г. Зайцев был избран университетским судьей.
С точки зрения начальства А.М.Зайцев был нарушителем предписанного порядка. В 1882 г. после студенческой сходки он попал в список профессоров-возмутителей студентов. В 1905 г. он открыто выступил в защиту студента, схваченного полицией за революционную деятельность. По существу он был либералом – не больше, но все же способным и открыто выходить за рамки дозволенного.
В 1882-1883 гг. А.М.Бутлеров выдвигал кандидатуры своих учеников – В.В.Марковникова и А.М.Зайцева – на избрание в члены-корреспонденты Петербургской АН, но президент Академии отклонил эти кандидатуры, припомнив, что эти ученые в 1880 г. в числе других подписали заявление, выражавшее протест по поводу тогдашнего забаллотирования в академики Д.И.Менделеева. И только в 1885 г. А.М.Зайцев был избран членом-корреспондентом АН. В 1907 г. ему было предложено звание академика, но он отклонил это почетное предложение. А.С.Ключевич и Г.В.Быков в книге «Александр Михайлович Зайцев» на с. 34 объяснили этот факт тем, что «вряд ли скромность играла в данном случае первостепенную роль. А.М.Зайцев безусловно знал, как высоко оценивается его вклад в науку в России и за рубежом и едва ли мог считать себя недостойным предложенного звания. Но академики обязаны были жить в Петербурге, атмосфера в Академии наук мало улучшилась, так что Зайцев должен был бы продолжать борьбу, которую вел еще Бутлеров. Между тем здоровье его было уже довольно слабым, а нити, связывающие с Казанью (и не только с университетом), - очень крепкими. Все это, очевидно, определило его решение».
За выдающиеся научные и педагогические заслуги А.М.Зайцева его избрали в число почетных членов ряда университетов и научных обществ. Он являлся одним из основателей знаменитого Русского химического общества, с деятельностью которого неразрывно связано все развитие химии и химической промышленности в России, ряд лет состоял вице-президентом и президентом Общества. Он несколько раз избирался членом комиссии этого общества по присуждению большой и малой премии имени А.М.Бутлерова, учрежденных в 1887 г. (ему самому была присуждена большая премия им. А.М.Бутлерова в 1909 г.). Эти деньги он пожертвовал на нужды общества. Много времени и труда он отдавал работе в «Обществе вспомоществования нуждающимся студентам».
А.М.Зайцев был активным участником ряда съездов русских естествоиспытателей и делал сообщения о работах своей кафедры. Он вступил в общество естествоиспытателей при Казанском университете со дня основания (1869), а в 1893 г. был избран его почетным членом, являлся почетным членом общества естествоиспытателей в Киеве и Москве. Он был признанным ученым и за границей, его избрали своим членом Берлинское и Парижское химические общества и общество натуралистов в Гиссене.
Согласно университетскому уставу после 25-летней «выслуги по учебной части» не только профессор имел право выйти на пенсию, но и университет мог отказаться от его услуг. В год, когда исполнилось 25  лет научно-педагогической деятельности А.М.Зайцева (1988) министерство по ходатайству попечителя разрешило продолжить Зайцеву чтение лекций и заведование лабораторией органической химии. В 1898 г. разрешение было получено только на один год, и кафедра была объявлена вакантной, а профессор стал внештатным заслуженным. Министерство, вероятно, пыталось подыскать на место Зайцева другого доктора химии, однако из уважения к Александру Михайловичу никто не хотел претендовать на его место.
Физико-математический факультет осенью 1909 г. просил министерство разрешить провести конкурс на замещение кафедры органической химии с допущением к нему лиц со степенью магистра химии. Разрешение было получено и в феврале 1910 г. об этом объявили в печати. Заявление на участие в конкурсе подали В.В.Челинцев, А.Н.Реформатский и А.Е.Арбузов. Возможно, что своим преемником А.М.Зайцев видел любимого ученика А.Н.Реформатского. Но история распорядилась по-своему. В феврале 1911 г. и. д. экстраординарного профессора химии был избран А.Е.Арбузов.
А.М.Зайцев не дожил до конкурса. Он скончался 1 сентября 1910 г. За несколько часов до кончины он «подозвал к себе бывшего около него одного из своих учеников и долго коснеющим языком пытался сказать что-то: после долгих усилий он, наконец, дал понять, что просит рассказать ему о лаборатории. Скрепя сердце, сжимавшееся от жгучей боли, ученик рассказал умирающему учителю о том, что ремонт лаборатории закончен, что лаборатория приведена уже в полную готовность для занятий» . В некрологе, написанном А.Н.Реформатским, отмечены две черты деятельности А.М.Зайцева: бескорыстная и глубокая, истинная преданность науке, а с нею - «редкая способность возбуждать горячую любовь к науке, увлекать, воодушевлять и объединять в этом направлении учащуюся молодежь, и редкая непосредственная - человеческая любовь к учащейся молодежи». Так завершился 40-летний Зайцевский период истории кафедры и начался знаменитый Арбузовский.
А.М.Зайцева похоронили на Арском кладбище г. Казани. Одна из улиц Казани носит имя Зайцева. Старая химическая лаборатория университета является теперь музеем Казанской химической школы. Здесь хранятся впервые синтезированные А.М.Зайцевым препараты, альбомы с фотографиями и адреса, поднесенные ему в юбилейные даты. В бутлеровской аудитории, где по его ходатайству были установлены бюсты Н.Н.Зинина и А.М.Бутлерова, висит и портрет продолжателя их дела и традиций – Александра Михайловича Зайцева. Мемориальная доска с его именем установлена на фасаде здания старой химической лаборатории Казанского университета.
Классик органической химии А.М.Зайцев занимает почетное место среди выдающихся деятелей отечественной высшей школы.