Основные  Труды  Е.Е.Вагнера

1.	Новый синтез алкоголей (предварительное сообщение) // ЖРXО и ФО. - 1874. – Т. VI, вып. 3. - С. 122 (Соавтор А.М.Зайцев).
2.	Синтез диэтилкарбинола, нового изомера амильнаго алкоголя // ЖРXО и ФО. - 1874. – Т. VI, вып. 9. – С. 290-308. (Соавтор А.М.Зайцев).
3.	О бромистом амилене и амиловом гликоле из диэтилкарбинола // ЖРXО и ФО. - 1875. – Т. VII, вып. 8. – С. 293-302. (Соавтор А.М.Зайцев).
4.	Превращение диэтилкарбинола в метилпропилкарбинол // ЖРX0 и ФО. - 1875. – Т. VII, вып. 8. – С. 302-312. (Соавтор А.М.Зайцев).
5.	Действие цинкэтила на уксусный альдегид // ЖРXО и ФО. – 1876. – Т. VIII, вып.1. – С. 37-40.
6.	Об общем способе получения вторичных спиртов // ЖРФXО. – 1881. - Т. XIII, вып. 3. – С. 175-176.
7.	По поводу законности окисления кетонов А.Н.Попова (сообщение) // ЖРФXО. – 1882. – Т. XIV, вып. 3. – С. 113.
8.	Zur Constitution des Furfurols // Ber. Chem. – 1884. – No. 13. – S. 1967-1969. (Соавтор A.Pawlinoff).
9.	Об отношении альдегидов к цинкорганическим соединениям (общий способ получения вторичных спиртов) // ЖРФXО. – 1884. – Т. XVI, вып. 4. – С. 283-353.
10.	 Об окислении монокарбонильных кетонов. Статья первая. Oтнoшениe кетонов к хромовой смеси // ЖРФXО. – 1884. – Т. XVI, вып. 8. – С. 645-679.
11.	 Об окислении монокарбонильных кетонов. Статья первая. Oтнoшениe кетонов к хромовой смеси (окончание) // ЖРФXО. – 1884. – Т. XVI, вып. 9. – С. 695-732.
12.	 Синтез вторичных спиртов и их окисление. Иссл. Е.Вагнера. Представл. в физ.-мат. фак-т имп. Спб. ун-та для получения степ. магистра гимназии. –Спб., 1885. – 72 с. (Магистерская диссертация).
13.	Об окислении этиленных углеводородов и спиртов (предварит. сообщ.) // ЖРФXО. – 1888. – Т. XX, вып. 1. – С. 72-77.
14.	К реакции окисления непредельных углеродистых соединений. Е.Вагнера. Проф. имп. Варшавск. ун-та. - Варшава, 1888. – 143 с. (Докторская диссертация).
15.	 Ueber die Oxydation der Olefine und der alkohole der allylalkoholreine // Ber. Chem.– 1888. - Jg. 21. - S. 1230-1240.
16.	Ueber die Oxydation der Kohlenwasserstoffe CnH2n-2 // Ber. Chem. – 1888. - Jg. 21. - S. 3343-3346.
17.	 Zur Oxydation ungesättigter Verbindungen // - Ber. Chem. – 1888. - Jg. 21. - S. 3347-3355.
18.	 Zur Frage über die Betheiligung des Wassers an der Oxydation ungesättigter Verbindungen // Ber. Chem. – 1888. - Jg. 21. - S. 3356-3360.
19.	Ueber Camphenglycol und den vieratomigen Alkohol aus Limonen // Ber. Chem. – 1890. - Jg. 23. – S. 2307-2318.
20.	 Об окислении сафрола и изосафрола марганцовокалиевой солью // Прот. зас. Отд. физ. и хим. № 2, 18 мая 1891 г. – Прот. зас. и труды Варш. общ. естеств. Отдел. физ. и хим. - 1891-1892. – С. 40. (Соавтор С.Бушмакина).
21.	Zur Constitution des Pinens // Ber. Chem. – 1891. - Jg. 24. - S. 2187-2190.
22.	Zur Oxydation aromatischer Verbindangen mit der Seitenkette C3H5 // Ber. Chem. – 1981. - Jg. 24. – S. 3488-3491.
23.	Zur Oxydation gemischter Monocarbonylketone der aliphatischen Reihe // J. prakt. Chem. – 1891, N.F. – Bd. 44. – S. 257-308.
24.	К строению терпенов и им родственных соединений. Статья первая // ЖРФXО. – 1894. –Т. XXVI, вып. 7. – С. 327-362.
25.	 Zur Oxydation cyclischer Verbindungen // Ber. Chem. – 1894. - Jg. 27. - S. 1636-1654, 2270-2276.
31.	Synthese ungesättigter Alkohole // Ber. Chem. – 1894. - Jg. 27. - Bd. II. – S. 2436-2439.
32.	К строению терпенов и им родственных соединений // Варш. унив. изв. - 1894. - Вып. VII. – С. 1-24; Вып. VIII. – С. 25-47.
33.	К истории реакции окисления непредельных соединений // ЖРФXО. – 1895. – XXVII, вып. 4. – С. 219-236.
34.	К вопросу об участии окисей в изомеризационных процессах // ЖРФXО. – 1895. - Т. XXVII, вып. 4. – С. 237-249.
35.	О способах определения строения олефинов (сообщение) // ЖРФXО. – 1895. – Т. XXVII, вып. 9. – С. 588-591.
36.	К вопросу о причине совместного образования нитросоединений и азотистых эфиров (сообщение) // ЖРФXО. – 1895. – Т. XXVII. – С. 591-593.
37.	К строению терпенов и им родственных соединений. Статья вторая // ЖРФXО. – 1896. –Т. XXVIII, вып. 1. – С. 56-108.
38.	К открытию куколя способом Петермана в ржаной муке // ЖРФXО. – 1896. – Т. XXVIII, вып. 2. – С. 144-149.
39.	К строению терпенов и им родственных соединений. IX. Кислые продукты окисления пинена // ЖРФXО. – 1896. – Т. XXVIII, вып. 5. – С. 484-494. (Соавтор Г.Ерчиковский).
40.	К строению терпенов и им родственных соединений. X. Строение пинена // ЖРФXО. – 1896. – Т. XXVIII, вып. 5. – С. 494-501. (Соавтор А.Гинзберг).
41.	О пиноле // ЖРФXО. – 1896. – Т. XXVIII, вып. 6. – С. 565-568. (Соавтор К.С.Славинский).
42.	Памяти Н.II.Mapиyцы // ЖРФXО. - 1897. – Т. XXIX, вып. 1. – С. 1-3.
43.	Об окислении ароматических соединений с алленилом и пропенилом в боковых цепях // ЖРФXО. – 1897. Т. XXIX, вып. 1. – С. 16-23.
44.	О терпене из твердого бромистого пинена (предварит. сообщение) - ЖРФXО. – 1897. - Т. XXIX, вып. 2. – С. 121- 124 (Соавтор И.Годлевский).
45.	О камфениловой кислоте и ее производных // ЖРФXО. - 1897. – Т. XXIX, вып. 2. – С. 124-132. (Соавтор И.Маевский).
46.	Zutf Constitution der Verbindungen der Camphergruppe // Chem. Zeit. – 1897, Jg. 21. - № 79. – S. 799 (Сообщение о докладе Е.Е.Вагнера на 69-м съезде нем. естествоисп. и вр. в Брауншвейге).
47.	К вопросу о влиянии состава и строения спиртовых радикалов на течение некоторых реакций // ЖРФXО. – 1898. - Т. XXX, вып. 1. – С. 113-117.
48.	К реакции окисления алициклических соединений. Окисление ацетилтриметилена // ЖРФXО. - 1898. – Т. XXX, вып. 3. – С. 259-269. (Соавтор М.Идзьковская).
49.	К строению терпенов и им родственных соединений. IX. О продуктах действия  хлорноватистой кислоты на пинен // ЖРФXО. – 1898. – Т. XXX, вып. 6. – С. 675-680. (Соавтор А.Гинзберг).
50.	О гидроксиламине // ЖРФXО. – 1898. – Т. XXX, вып. 7 . – С. 721-729.
51.	Продукты действия хлорноватистой кислоты на левый пинен (сообщение) // ЖРФXО. – 1898. –Т. XXX, вып. 8. – С. 877-879. (Соавтор К.С.Славинский).
52.	Атом и частица. Из лекций проф. Варшавск. импер. ун-та Е.Вагнера.. – Варшава, 1898. – 40 с.
53.	О стереоизомерных 1.2.8 триоксиментанах (сообщение) // ЖРФXО. - 1899. - Т. XXXI, вып. 1. - С. 16-17.
54.	Zur Constitution des Pinens // Ber. Chem. – 1899. - Jg. 32. – S. 2064-2083. (Соавтор К.C.Славинский).
55.	Ueber die Beziehung der Pinenhaloïdhydrate zu den Haloïdanhydrate des Borneols // Ber. Chem. – 1899. - Jg. 32. – S. С. 2302-2325. (Соавтор W.Brickner).
56.	Об отношении камфена к некоторым окислителям (сообщение) // ЖРФX0. – 1899. – Т. XXXI, вып. 7. – С. 678-679 (Соавтор И.Л.Маевский).
57.	О строении камфена (сообщение) // ЖРФX0. – 1899. – Т. 31, вып. 7. – С. 680-684.
58.	Bornylen, ein neues Terpen // Ber. Chem. – 1900. - Jg. 33. – S. 2121-2125. (Соавтор W.Brykner).
59.	Курс органической химии по лекциям профессора Вагнера. – Варшава, 1900-1901.
60.	О порядке выделения воды из -гликолей и галоидоводородов из их галоидангидридов (сообщение) // ЖРФXО. – 1903. – Т. XXXV, вып. 5. – С. 528-532. (Соавторы Маковецкий, Н.А.Прилежаев, Г.Е.Вагнер (младший), Н.С.Далецкий).
61.	Об оксоктектоле (сообщение) // ЖРФXО. – 1903. – Т. XXXV, вып. 5. – С. 533-534. (Соавтор Н.А.Прилежаев).
62.	О борнилене (сообщение) // ЖРФXО. – 1903. – Т. XXXV, вып. 5. – С. 534-537. (Соавтор В.О.Брыкнер).
63.	О превращении изоборнеола в борнеол и о терпене из изоборнеола (сообщение) (сообщение) // ЖРФXО. – 1903. – Т. XXXV, вып. 5. - С. 537-538. (Соавтор В.О.Брыкнер).
64.	О камфенилоне (сообщение) // ЖРФXО. – 1903. – Т. XXXV, вып. 5. – С. 538-540. (Соавтор А.А.Лемишевский).
65.	Об окислении гем-диэтилметилэтилена (сообщение) // ЖРФX0. – 1903. – Т. XXXV, вып. 5. – С. 540-541. (Соавтор Ю.Герцман).
66.	Zur Kenntniss des Camphens // Ber. Chem. – 1904. - Jg. 37. – S. 1032-1037. (Соавторы: St.Moycho, F.Zienkowski).