О «Карманной лаборатории профессора Ф.М.Флавицкого…». Ближайшим практическим результатом исследований в области химии твердых веществ является его новый метод аналитической химии, простота осуществления которого позволяет пользоваться им вне лабораторной обстановки. Он изложил новую систему анализа в учебном руководстве , ввел и в практикум. В 1901 г. он предложил «Карманную лабораторию…» - портативный набор из 36 веществ, условно разделенных на реагенты (K2S, AgNO3 и др.) и соли (Рb(NО3)2, Hg2Cl2 и др.), заключенный в футляр (19113 см) (в последнем помещались также два складных штатива для пробирочек, деревянная палочка и две ступочки с пестиками для более эффективного растирания). Набор позволял, работая с очень малыми количествами веществ и используя приложенную таблицу, не только открывать 13 катионов и 19 анионов при их совместном присутствии, но и выполнять качественный анализ многих веществ (Рецепт. – 1902. - № 6. - С. 82-85). Флавиан Михайлович сообщал родным, что его доклад на съезде русских врачей и естествоиспытателей с демонстрацией «Лаборатории» был принят чрезвычайно хорошо, что Бекетов в восторге. За фабричное изготовление прибора взялась, благодаря поддержке В.В.Марковникова, фирма Р.Кёлер в Москве. В 1902-1903 гг. были получены патенты в Англии, Франции, Австрии и США. В России ему в выдаче «привилегии» отказали - эксперты не поняли новизны изобретения. Отказали и в Германии. Фирма и изобретатель затратили много времени и сил, пытаясь обеспечить спрос на «Карманную лабораторию», но одни ведомства не брали ее из-за высокой цены (7 руб.), другие - из-за наличия в наборе ядовитых веществ. Было изготовлено лишь 150 экземпляров лаборатории.
В 1896 году, по выслуге 25 лет, Ф.М.Флавицкий был оставлен на службе еще на 5 лет, стал заслуженным ординарным профессором Казанского университета (1899 г.), после чего (1901 г.) вышел на пенсию (3000 руб. в год), но все же сохранил за собой заведование лабораторией и чтение курса неорганической химии.
В январе 1907 г. умер Д.И.Менделеев, и на появившуюся почетнейшую вакансию члена-корреспондента Академии наук избрали Ф.М.Флавицкого. Представлявший его кандидатуру академик Н.Н.Бекетов подчеркнул заслуги Флавиана Михайловича как в области органической химии, так и в неорганической и физической химии: «Но главная его научная деятельность в первую половину ея посвящена исследованиям по органической химии, между которыми особенно выдаются его исследования под терпенами из русских скипидаров... В последней половине своей научной деятельности профессор Флавицкий переходит к общим вопросам теоретической химии и к исследованию опытным путем подтверждения этих соображений…» .
В 1908 г. Французское правительство наградило Флавицкого орденом Почетного легиона. Он был избран в 1912 г. почетным членом Физико-химического общества Харьковского университета, затем еще ряда русских научных обществ.