Начало работы в Казанском университете. Согласно университетскому уставу в Казанском университете предусматривалось чтение курса физической химии, а подходящих специалистов не оказалось. В августе 1873 г. Флавицкий приехал в Казань с докладом на 4-й съезд русских естествоиспытателей и врачей. По рекомендации Бутлерова, А.М.Зайцев предложил Флавиану Михайловичу освободившуюся должность хранителя музея при химической лаборатории с поручением вести и практические занятия на кафедре, в том числе и чтение курса физической химии. Чтобы иметь право чтения лекций в Казани, Флавиан Михайлович срочно защитил в Харькове диссертацию «Соотношение физических свойств с химическим строением» и получил там звание приват-доцента. Зайцев на представлении молодого ученого сказал: «Солидное математическое и физическое образование..., а также и то, что он уже успел зарекомендовать себя очень интересной работой по физической химии, представляют нам достаточное ручательство за то, что Флавицкий сумеет оправдать доверие к нему факультета» . Зайцев указал также, что вопросы представленной будущим лектором программы «крайне интересны и современны» (она охватывала термохимию, явления диссоциации, сведения о жидком и твердом состоянии вещества, оптические методы исследования веществ, вопросы фотохимии и др.) .
29 сентября 1873 г. Флавицкий был утвержден хранителем музея, с декабря он зачислен в штат, а 8-го декабря он уже в Казани вместе с женой Евгенией Федоровной Черевитенко (Флавиан Михайлович женился в 1872 г.) и двумя детьми, Еленой и Сергеем. Плохо с финансами - Зайцев ходатайствует об оплате с октября (как следует из писем , деньгами помогала и мать из Харькова). Трудно было и с жильем, поскольку дали лишь комнату в здании лаборатории, но Флавицкий полон надежд. 15 (16) февраля 1874 г. он прочел в университете первую лекцию.